La investigación de la desaparición de Manuela Chavero se centró en Eugenio tras descartar otras líneas de trabajo. Los agentes de la Guardia Civil que declararon en el juicio señalaron tres elementos clave:

Las contradicciones en las declaraciones de Eugenio fueron relevantes. En la primera afirmó que no salió de casa la noche de los hechos y en la segunda indicó que posiblemente sí lo hizo.

El perfil que aportó el entorno de amistades sobre Eugenio también orientó la investigación. Lo definieron como una persona recelosa, vengativa, absorbente y algo violenta con los animales.

La factura de la luz de la casa de los padres de Eugenio, deshabitada, mostró actividad eléctrica la noche de la desaparición de Manuela. Ella murió en esa vivienda.

Tras descartar otras líneas de investigación, estos tres elementos llevaron a los agentes a centrarse en Eugenio. Su posterior detención por hurtos permitió intervenir su teléfono e identificar conversaciones que confirmaron las sospechas. Finalmente, en 2020 se halló el cadáver de Manuela en la finca que había indicado Eugenio.